珠三角制造业起源于20世纪70年代的简单加工制造，现在制造业产业主要集聚在纺织、家电和电子产业；长三角制造业发展加速于20世纪90年代，产业结构高于珠三角，主要集中在电子信息产业。长三角发展势头明显好于珠三角，其主要原因是长三角拥有高科技人才和高素质的劳动力资源。
外向化程度东南沿海地区制造业快速发展的动因，主要在于对外开放策略和地区外向型经济方式的确立。相对于全国其他地区，东南沿海制造业的外向化程度都比较高。但在发展过程中，长三角制造业更多脱胎于该地区的传统产业，制造业生产较之珠三角有比较完整的产业链条。
因而，长三角制造业的外向化程度要低于珠三角地区。改革开放以来，两地区制造业外贸依存度都不断攀升，但是珠三角的外贸依存度指数一直大大高于长三角。这种现象背后有两方面的原因。其一，长三角制造业生产所使用的中间产品较之珠三角更多来自于国内，中间产品进口数量相对较小，具有一定的独立性。
其二，长三角制造业生产的产品销售较之珠三角更少依赖外部市场，其生产比珠三角地区受到外部市场的影响相对较小。同时，反映地区外向化程度的制造业外商直接投资（FDI）占固定资产投资比重，珠三角也一直高于长三角；虽然，近年来两地区在这一指标上的差距有所缩小，但是仍然存在比较稳定的差别。
这说明，珠三角制造业投资来源更多依靠FDI形式的外国资本流入，当外资流入减少甚至发生外商撤资时，本地的制造业生产较容易受到冲击。专业化程度在制造业发展过程中，长三角地区更多以当地传统制造业为基础，承接国外产业转移，进行产业布局和体系构建。而珠三角地区则主要是以“空降”方式接受国外产业转移，较少和当地历史产业基础进行有效嫁接。
因而，长三角较之珠三角制造业有比较明显的“多样性”，而珠三角制造业的专业化程度相对更高。地区专业化程度高也意味着珠三角地区制造业的集中度比较高，而制造业整体具有较强的“单一性”（如过多集中于服装、玩具和轻工等劳动密集型加工贸易行业），因此，当遇到外部市场变化时，珠三角制造业相对于长三角，缺乏多样性产业的选择余地，受到的影响冲击会更大些。
企业主体性质东南沿海地区经济对外依存度高于全国水平，在微观层面表现为外资企业数量不断增加，外商投资企业成为地区经济发展的重要推动力。但两大地区在产业发展模式上又有明显不同之处。长三角主要是以企业内生成长与规划管理型的政府操作模式主导经济发展，如上世纪80年代形成的“苏南模式”和“温州模式”，90年代以后上海浦东开发开放、江苏“开发区产业集聚”、浙江“块状经济”现象，推动了长三角地区经济的快速发展，奠定了长三角制造业在中国和世界的重心地位。
而珠三角则主要是外资企业主导的外源型发展模式，突出表现为利用其毗邻港澳的区位优势，形成“前店后厂”布局，通过90年代中后期承接国际产业转移形成轻型制造业基础。珠三角的制造业几乎已完全加入到跨国公司供应链，成为其生产体系的重要一环，并以OEM加工、融资租赁、海外上市等形式与跨国公司制造业向中国转移的潮流相配合，企业主体的外向化不断加深。
挑战相似目前我国东南沿海地区的制造业发展正面临着前所未有的困境，导致这些困境的原因既有外部环境的变化，也有深层次的产业结构问题，但归结起来，直接因素有四个方面。生产成本持续攀升随着制造业持续快速发展带动劳动力、资金、土地等要素成本上升，以及国家产业政策间接推升生产成本，东南沿海企业生产经营成本的上升开始超过其利润所能承受的范围。
这些成本因素具体包括：劳动力成本上升。目前农村剩余劳动力供求的“拐点”已经隐现，虽然整体上仍然供大于求，局部地区出现了供求失衡，企业用原来的低工资水平已难以招募到需要的员工。新实施的《劳动合同法》规定了社保强制提取、节假日补偿、各地最低工资标准提高、不能随意辞退劳动效率低的职工，等等，都意味着企业的用工成本开始增加。
地价和土地使用税提高，用地成本上升。国家对建设用地供应加以严格控制，土地供应与土地需求差距加大，需求拉动土地价格上升的力量较强。取消协议出让土地，对工业和其他类型企业的用地实行招拍挂，寡头垄断供应而多家需求竞争，也使土地价格开始持续上升。东南沿海地区持续几十年开发，可利用土地空间已大为减少。
资金成本上升。尽管为应对金融危机国家货币政策由适度从紧转为相对宽松，但现行政策更多适用于国家重点建设项目和国有大中型企业，大多数民营中小企业仍旧融资困难，很多企业不得不从非正规渠道融资，这必然会影响企业的资金成本，特别是资产结构中负债率较高的企业，致使财务费用大幅度挤减了企业的正常利润。
原材料成本上升。我国资源品价格市场化尚未完全到位，原油与成品油价格倒挂，煤电价格倒挂，水资源价格偏低，一些矿产资源的定价也不完全反映供求关系。虽然有些资源品价格受国际市场影响有升有降，但企业用能源和原材料成本总体上比以前都有较大幅度提高。运输费用上升。
我国交通运输状况虽得到较大改善，但迄今铁路运力仍不足，高速公路网欠发达，油价总体趋向上升态势。国内物流企业过小过散，应用现代流通技术的企业少，流通效率低。资料显示，发达国家平均物流成本是10%，而中国平均物流成本则要高出一倍。改善和维护环境的成本上升。
据国家环保局的有关数据，我国的万元GDP能耗水平是发达国家的3～11倍，目前中国生态环境的承载力已近极限。在国家相关环保政策的压力之下，有关企业运行的环境成本将会逐步提高。外部需求下降由东南沿海地区所代表的中国制造业大多属于世界生产贸易体系中的低端环节，而以美国和欧洲为代表的发达国家则是整个贸易的领导者和操控者。
中国的整体增长与其外部需求具有很大的相关性。所以，当美国和欧洲消费市场出现变化时，直接影响的就是中国的制造产业，特别是美国经济增长的减速将导致其消费和进口需求的下降，从而直接冲击中国制造业的发展。东南沿海两大区域的进出口贸易占全国贸易总额的2/3，其制造业出口是中国经济增长的主要动力，而外部市场的需求稳定性是两大地区制造业发展的必需因素。
如果外部市场需求放缓，外部经济增速下降，东南沿海地区的投资和净出口将急剧衰减，而外部经济变化导致的国内消费萎缩也将缩小东南沿海地区制造业国内市场的总体规模，这在一定程度上是对其制造业发展的双重市场打击。国外竞争对手劳动力成本优势开始凸显除了制造业成本上升和消费市场萎缩两大发展障碍之外，国外制造业竞争对手的劳动力成本降低也成为我国东南沿海地区制造业发展的一个重要路障。
我国东南沿海地区制造业劳动力成本相比主要竞争对手国和地区，其优势已不复存在或十分微弱。正因为如此，2007年以来，我国东南沿海地区一些外资企业开始外迁至东南亚、南亚等国。人民币汇率升值由于世界经济衰退，印度、东南亚国家和巴西等国家的本币汇率进入贬值通道。
这些国家货币的大幅贬值和我国人民币稳定升值的状态形成了鲜明对比，使中国出口产品的价格竞争力大打折扣，给东南沿海地区制造业出口竞争造成了不利影响。上述分析从表面上看，我国东南沿海制造业遭遇的困难在于外部需求冲击和外部对手竞争。但是，从更深层次看，东南沿海地区制造业的结构性问题才是产生其困境的根本原因。
所谓的结构性问题，主要表现在产业发展过分依赖国外资本、产业处于全球价值链低端且技术创新能力不足，从而持续发展和抗冲击能力孱弱。因此，我国东南沿海地区的制造业必须进行战略调整和结构转型，目标就是发展高技术、高附加值、低消耗和低污染的现代新型制造产业。
实施特色转型升级战略鉴于长三角和珠三角在制造业外向化、专业化、企业性质等方面存在诸多差异，在制定我国东南沿海地区产业转型升级的规划中，必须考虑不同地区产业发展特点而实行有差别的战略选择，特别要明确产业定位，找准升级路径，增强区域间合作。明确区域产业的战略定位长三角地区产业门类齐全，轻重工业发达，是中国最大的综合性工业区，不仅传统工业在全国占有重要地位，而且以微电子、光纤通讯等为代表的高新技术产业也比较突出。
最近几年，适应国际产业转移和国内新一轮经济增长的形势变化，长三角地区适时将新型制造业作为区域产业发展的重点目标。上海提出优先发展先进制造业和现代物流业，浙江将建设先进制造业基地，江苏则要打造国际制造业基地。珠三角制造业主要由加工贸易导引，产品多为劳动密集型产业，已成为全球最大的电子和日用消费品的生产和出口基地之一。
为解决本地产业层次不高、结构偏“轻”、外向度偏大，以及由此带来的产业根植性不强等问题，珠三角地区大力改善当地投资环境，加大企业研发投入，并提出“适度重型化”的工业化战略。这种调整收到明显成效，以电子信息为代表的高新技术产业和石油化工、钢铁、电器机械及专用设备等重化工产业正在形成新的产业支柱，重工业比重已超过规模以上工业的一多半。
在此背景下，长三角地区产业定位可以明确确立为先进制造业和生产性服务业，发展的重点领域是IT产业、装备制造、金融保险、创意设计、会展咨询、商贸流通和物流业。而珠三角地区则是以现有加工业为基础，大力发展高新技术产业并增强其区域根植性，实现传统制造业、电子信息产业、重化工业和现代服务业“四箭齐发”，构筑新型而完备的产业体系。
找准产业升级的主要路径珠三角地区产业的“外源性”较强，基础产业发展较之长三角不尽完备，区域创新源泉过分依赖国外。因此，珠三角产业升级路径主要是依托现有制造业基础，实行制造业链式升级（根据产业价值链“微笑曲线”，逐步由低端环节向高端环节转变），并适当推进“腾笼换鸟”的升级模式（将不适合发展的产业转移到其他地区，以腾出空间发展新兴产业）。
目前，珠三角的轻加工业仍占主导地位，而化工、钢铁等基础工业相对滞后，所以必须发展与之配套和支撑的上游工业部门，以增强工业部门的均衡性和经济发展后劲。相对而言，长三角地区的产业更加依赖本地企业，整体产业体系比较完备，但区域内产业结构趋同化，尚未形成互补共赢的梯度发展优势。
因此，长三角产业调整和转型要注重优化内部产业布局，构造出区域合理分工与适度竞争的发展格局。同时，提升研发和创新的能力，强化从“中国制造”转向“中国创造”的战略意识，把科技强区提到地区发展的战略高度。此外，要进一步完善区域产业配套能力，打造现代制造业高地，重点发展具备国际竞争力的产业群，比如，以电子信息、生物制药为核心的高新技术产业群，以大型电站设备、通讯设备、运输设备、工程设备、石化设备为主的现代装备制造业群。
增强区域间的专业化合作根据比较优势，实行区域专业化合作，是东南沿海地区产业转型升级的重要路径。长三角区域产业合作应当以新型制造业和生产性服务业发展为核心，提高区域专业化程度，形成多层次、多角度的现代制造业区域分工体系。特别是上海、南京、杭州等大城市，要将一般制造业转移到外围地区，而吸引高新技术产业和现代服务业在城市中心聚集。
中心城市要成为研发设计、营销、品牌、信息和金融等制造业服务中心，外围地区则重点放在生产制造上，形成中心与外围的合作互动，而外围城市间也要形成差异化的分工格局。珠三角地区重点是内部一体化建设和粤港澳更紧密联系（CEPA）。要按照国务院批复的《珠江三角洲地区改革发展规划纲要(2008～2020年)》，优化空间布局，以广州、深圳为中心，以珠江口东岸、西岸为重点，推进珠三角区域经济一体化。
广州、深圳等中心城市要增强高端要素集聚、科技创新、文化引领和综合服务功能，优先发展高端服务业，加快建设先进制造业基地。进一步落实CEPA相关协议框架的具体措施，巩固香港作为国际金融、贸易、航运、物流、高增值服务中心和澳门作为世界旅游休闲中心的地位，支持珠三角地区的港澳企业延伸产业链，向现代服务业和先进制造业转型，增强其应对环境变化的能力。